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会社員なら会社が受けさせてくれる健康診断も、個人事業主は自分で費用を払います。この費用は、本人の分は経費になりません。医療費控除も原則として対象外です。
結論
- 個人事業主本人・家族の健康診断・人間ドック → 経費にならない（家事費）
- 医療費控除 → 健康診断の費用は原則として対象外（国税庁 No.1122）
- 従業員に受けさせる健康診断 → 全員を対象にするなど一定の条件で福利厚生費になる
前提：経費になる支出・ならない支出
個人事業主の必要経費になるのは、売上を得るために直接かかった費用や、業務上の費用です。生活のための支出（家事費）は経費になりません。仕事とプライベートの両方に使う支出（家事関連費）は、取引の記録などから、業務に直接必要だったと明らかに区分できる部分だけが経費になります（国税庁 No.2210「必要経費の知識」、令和8年4月1日現在）。
なぜ経費にならないのか
健康診断は、事業の売上を得るための費用ではなく、本人の健康管理のための支出だからです。たとえ「体を壊すと仕事ができない」としても、業務に直接必要な費用とは区分できません。
医療費控除の扱い
国税庁のタックスアンサー No.1122「医療費控除の対象となる医療費」では、健康診断の費用は原則として医療費に含まれないとされています（令和8年4月1日現在）。人間ドックなどで重い病気が見つかり、引き続き治療を受けた場合の扱いは、国税庁の質疑応答や税務署で確認してください。
従業員がいる場合
従業員の健康診断の費用は、従業員全員を対象にしているなど、福利厚生として一般的な範囲であれば福利厚生費として経費になります。ただし、事業主本人や家族従業員（青色事業専従者など）だけを対象にしたものは、経費として認められにくくなります。
よくある質問
Q. 自治体の健診の自己負担分はどうなりますか？
本人の分は経費にならず、医療費控除の対象にもなりません。
Q. 国民健康保険の特定健診は？
同じく本人の健康管理のための費用なので、経費にはなりません。
まとめ
個人事業主本人の健康診断・人間ドックの費用は経費にならず、医療費控除も原則対象外です。従業員分は福利厚生費になりえます。
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関連記事：家事按分の決め方と計算例／経費と所得控除の違い／青色申告の節税額 比較ツール
参考（2026年11月確認）：国税庁 タックスアンサー No.2210「必要経費の知識」ほか本文中に記載の資料。個別の判断は税務署・税理士にご確認ください。
